No, purtroppo WMM permette una sola traccia per ogni "elemento".
(video/audio/titoli)
Per le sovraposizioni con vari effetti di trasparenza (simili a quelli di photoshop x i layer
) puoi usare sony vegas, con tante altre funzionalità per creare davvero degli ottimi AMV!
Per alti livelli di compositing video ci sono appositi programmi che si concentrano sulll'unione di più video/immagini/ecc permettendo di usare tutta la fantasia che si ha per dei risultati pazzeschi!
Inutile dire che dal punto di vista pratico sono abbastanza complessi.
Consiglierei adobe after effect
usato molto per le trasmissioni televisive/telegiornali & company
Ma non bisogna certo lasciarsi spaventare dalle difficoltà nell'uso di un programma!
Se ci si impegna e si ama davvero fare AMV nulla è impossbile!
Ei...
non dimentichiamo adobe premiere!
è è illegale... 
poi c'è invece chi li ha e NON LI SA USAREEEEEEEEE!!!!! 
Per parlare di Vegas c'è una sezione tutta sua! 